La historia y la epistemología de las ciencias contribuyen en el campo de la didáctica de las ciencias a desarrollar procesos de enseñanza y aprendizaje que contextualizan y humanizan la ciencia, mejorando su comprensión entre el estudiantado. Por tanto, el objetivo del presente trabajo es diseñar desde principios constructivistas, es diseñar una estrategia didáctica para la enseñanza del concepto de isomería por medio de un enfoque histórico-epistémico, que abordará el saber, saber hacer y el hacer de la enseñanza contextualizada de las ciencias con la cual se evidencien cambios en las perspectivas (metacognitivas y reflexivas) frente a las ciencias y la enseñanza de las mismas.