En su estructura actual IE consta de dos grandes secciones: Monografía y Varios.

La sección Monografías es diseñada y coordinada por el equipo de dirección de la revista. Se abordan temas relativos a la fundamentación teórica y los referentes prácticos que puedan ser útiles para el profesorado de los diferentes niveles educativos (infantil, primaria, secundaria y universidad), para la formación inicial de los mismos y para la investigación didáctica.

La sección Varios incluye  artículos dirigidos espontáneamente por los autores a esta revista, que son finalmente aceptados.

La revista Investigación en la Escuela se dirige prioritariamente al sector del profesorado y de los investigadores interesados en el estudio y mejora de los procesos de enseñanza y de formación del profesorado, desde una perspectiva abierta a la innovación, fundamentada y crítica. Aunque no es de caracter gratuito la revista permite la consulta de los artículos en texto completo de los ultimos dos años.