En esta investigación se pretende mostrar la experiencia de una estrategia innovadora en metodologías de enseñanza-aprendizaje de las ciencias, aplicada en el Programa de Formación de Profesores del Proyecto Curricular de Licenciatura en Química de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas en Bogotá – Colombia. El propósito ha sido el de generar una nueva perspectiva de profesionalización de la actividad docente mejorando los sistemas de Formación Inicial y Continuada de Profesores de Ciencias. Para lograr esto, se identificó el Conocimiento Didáctico del Contenido de profesores expertos y novatos y se hizo seguimiento a los resultados de la implementación de la estrategia con el apoyo del Software ATLAS.ti ® para determinar los cambios en estos conocimientos, para establecer vínculos entre los Profesores noveles y expertos con un deseable de referencia y para finalmente generar cambios y procesos de autorregulación de las prácticas docentes.