Este trabajo presenta un proyecto de investigación en curso el cual gira en torno a la didáctica de las ciencias naturales. El proyecto considera el pensamiento crítico de dominio específico y la naturaleza de la ciencia en un entorno rural del departamento de Caldas – Colombia. En este escrito se muestran las principales características del contexto en el cual se llevará a cabo la investigación, la motivación que nos lleva a su realización y el camino a seguir para encontrar una posible solución a nuestra pregunta de investigación. La propuesta pretende desarrollar el pensamiento crítico de dominio específico en estudiantes rurales de postprimaria de ciencias naturales - área de química en el marco de la naturaleza de la ciencia teniendo en cuenta para su estudio diversidad de metodologías para hacer ciencia escolar.