Parte de las motivaciones que los profesores de ciencias tienen al plantear un diseño didáctico, incluye interesar a los estudiantes por aprender a preguntarse sobre situaciones que les complejice el pensamiento mediante procesos metacognitivos; para ello se propone en este trabajo, un ciclo de modelización con cuatro competencias principales a desarrollar como son problematización, evaluación, revisión y uso de sus propios modelos mentales, materiales y utilizando distintos recursos de geo-referenciación, con el objetivo de enseñarles ecología tomando como contexto un ecosistema de humedal y sus cambios histórico ambientales. A partir del ciclo de modelización mencionado se diseñan seis actividades que están próximas a ser aplicadas con estudiantes de secundaria, aportándoles así a un pensamiento sistémico de complejidad.