En esta segunda parte –ya anunciada en la primera– se analizará histórica y epistemológicamente la creación de la fisicoquímica como disciplina, ya que es en sus formulaciones donde se introduce una matemática superior al álgebra, que fue el fundamento de la construcción de la química estructural o química orgánica, en la segunda mitad del siglo XIX. Se resaltarán, igualmente, los personajes que participaron y desarrollaron esta disciplina en el periodo mencionado. A manera de conclusión, se presentarán también las reflexiones didácticas indispensables.