El contexto en el cual se inscribe este artículo, tiene que ver con la problemática asociada a la enseñanza y el aprendizaje de conceptos científicos y muestra los resultados que se han obtenido al auscultar algunas concepciones que manifiestan profesores de química de educación media, estudiantes de carreras universitarias de licenciatura en química y libros de texto en relación con las teorías atómicas y sus representaciones simbólicas. Luego de realizar un estudio histórico de las teorías atómicas y de sus representaciones simbólicas apoyado desde la perspectiva de concepciones epistemológicas contemporáneas consolidadas en lo que se ha denominado la nueva filosofía de la ciencia, y analizando el impacto de este tipo de fundamentación en relación con teorías didácticas de orientación constructivista para la enseñanza y el aprendizaje de las ciencias (concretamente para la enseñanza y el aprendizaje de la química), se han evaluado las concepciones que poseen sobre la naturaleza de la materia y sus esquemas de representación, profesores, estudiantes y libros de texto. Luego de un estudio múltiple y convergente se ha encontrado que las representaciones simbólicas que se suelen presentar en el complejo proceso de la enseñanza y el aprendizaje de la química en relación con la estructura de la materia, son coherentes con concepciones científicas en desuso o con concepciones de sentido común. De la misma forma se ha encontrado que estas concepciones obedecen a criterios epistemológicos e históricos tradicionales de la ciencia, cercanos a modelos realistas - interpretativos o en el mejor de los casos a modelos empiropositivistas, las cuales se alejan de orientaciones contemporáneas acerca de la naturaleza de la ciencia y de sus implicaciones en la investigación y en la innovación actual en la enseñanza de la química.