Eugenia Etkina tiene una amplia experiencia docente en la enseñanza de física y astronomía en la escuela media, secundaria y universitaria. Actualmente es profesora asociada del departamento de educación en ciencias de Rutgers University, donde enseña a profesores en formación y en ejercicio como enseñar física, además trabaja en colaboración con el departamento de Física y Astronomía para reformar los cursos de introducción a física.

Desarrolló un enfoque de la enseñanza de la física, donde los estudiantes construyen su comprensión mediante procesos similares a los utilizados por los científicos en la investigación del mundo real y estudia como los estudiantes desarrollan y transfieren esas habilidades científicas.