Doctor en Educación por la Universidad Autónoma de Madrid (UAM) con la tesis La alfabetización académica: un estudio comparado en el ámbito iberoamericano. Por la cual recibió Premio Extraordinario de Doctorado y el VI Premio Nacional Pedro Rosselló de la Sociedad Española de Educación Comparada. Es profesor del Departamento de Filologías y su Didáctica, Facultad de Formación del Profesorado y Educación (UAM); Coordinador de Magisterio en la Universidad San Pablo CEU; Coordinador de talleres de escritura en la Red de Bibliotecas del Ayuntamiento de Madrid y profesor en colegios de Educación Primaria y Secundaria. Ha trabajado como asesor externo de la Unidad Española de Eurydice, de la Comisión Europea en el estudio Teaching Reading in Europe: Contexts, Policies and Practices. Ha impartido cursos y/o conferencias en instituciones o universidades extranjeras como la Fundación Fe y Alegría de El Salvador, el Ministerio de Educación y Cultura de Paraguay, la Università di Bologna (Italia), la Pontificia Univesidade Católica do Paraná (Brasil) o Växjö University (Suecia). Como ponente ha participado en eventos académicos en diversos países. Es asesor didáctico de los materiales de lengua de Educación Primaria de la editorial Edelvives. Sus intereses investigadores se centran en la didáctica de la lengua, en concreto en la comprensión la lectura y la escritura académica; y en la política educativa. En el Grupo de Investigación sobre Políticas Educativas Supranacionales (GIPES) es investigador en diferentes proyectos de investigación.

Publicaciones recientes de Juan Antonio Núñez

• Artículo: "Percepción de los estudiantes universitarios iberoamericanos sobre la competencia comunicativa y la alfabetización académica". Juan Antonio Núñez Cortés, Ana Moreno Núñez, Zona Próxima, ISSN: 1657-2416, No. 26, págs. 44-60, 2017.
• Artículo: "El modelo competencial y la competencia comunicativa en la educación superior en América Latina". Juan Antonio Núñez Cortés, Foro de Educación, ISSN 1698-7799, No. 20, págs. 467-488, 2016.
• Capítulo de libro: "Una propuesta de cuestionario de percepción sobre alfabetización académica". Juan Antonio Núñez Cortés, Cecilia Muse, En: España, Aprendizajes plurilingües y literarios: Nuevos enfoques didácticos, ISBN 978-84-16724-30-7, págs. 550-558, 2016.
• Capítulo de libro y coeditor: "La educación de ciudadanos en contextos supranacionales: introducción". Javier Manuel Valle López, Juan Antonio Núñez Cortés, En: España, Educación, supranacionalidad y ciudadanía, ISBN 978-84-680-4078-3, págs. 5-10, 2016.
• Capítulo de libro y coeditor: "Escribir en la universidad". Juan Antonio Núñez Cortés, En: España, Escritura académica: de la teoría a la práctica, ISBN 978-84-368-3451-2, págs. 21-35, 2015.
• Artículo: "Nueva Gramática de la Lengua Española". Juan Antonio Núñez Cortés, Pulso: revista de educación, ISSN 1577-0338, No. 33, págs. 257-258, 2010.
• Artículo: "Política y programas lingüísticos en la Unión Europea". Juan Antonio Núñez Cortés, Educación y futuro: revista de investigación aplicada y experiencias educativas, ISSN 1576-5199, No. 20, págs. 31-44, 2009.