A educação científica intercultural requer de um processo de diálogo entre sistemas de conhecimento, que na maioria das vezes configura um desafio para o docente dada a disparidade epistêmica entre eles. Este estudo qualitativo teve como objetivo conceber e desenvolver uma intervenção educativa utilizando uma história em quadrinhos como recurso didático e fonte de atividades para o planejamento de uma sequência didática centrada na promoção do ensino da ecologia no diálogo intercultural entre o Conhecimentos Ecológicos Tradicionais (CET) e Conhecimentos Ecológicos Académicos (CEA) em dois colégios do Município de Coração de Maria e Retiro no Nordeste do Brasil. Através da pesquisa em design educacional e pautada pelo trabalho colaborativo entre professoras de ciências e o pesquisador, foi possível dar conta das convergências e divergências entre os sistemas de conhecimento, o que permitiu explorar as possibilidades de formulação de atividades de aprendizagem e a produção de uma inovação educacional em quadrinhos para o ensino de ecologia em diálogo intercultural