La historia y la epistemología de las ciencias contextualizan y humanizan la ciencia, diversificando el proceso de enseñanza y aprendizaje, pero su poco uso en el aula señala la necesidad de generar espacios reflexivos donde los docentes transformen su quehacer por medio de estas metaciencias. Por tanto, el objetivo del presente artículo evidencia el desarrollo de la estrategia didáctica diseñada para la enseñanza del concepto de isomería por medio de un enfoque histórico-epistémico, que mediante un trabajo cooperativo con una docente de química en formación y una docente de química en ejercicio en modalidad virtual se obtuvo como producto de aprendizaje dos unidades didácticas que evidencian los cambios de perspectiva frente a las ciencias y la enseñanza de las mismas.