Se presentan en este artículo los resultados de una investigación que busca caracterizar el conocimiento profesional de profesoras de ciencias sobre el conocimiento escolar; en el contexto de una línea de investigación de formación doctoral, y que, se realiza desde una perspectiva cualitativa, en particular, a partir de la construcción de un estudio de caso intrínseco. Se ha aplicado, para tal fin, un cuestionario de autorreporte que permite el análisis de las categorías: contenidos escolares, fuentes y criterios de selección de los contenidos escolares, referentes epistemológicos y criterios de validación del conocimiento escolar, en relación con diferentes niveles de complejidad, a saber: Tradicional, Instruccional-cientificista, Espontaneísta, e Integrador-transformador (Martínez, Valbuena, Molina y Hederich, 2013, 2015). Los resultados del cuestionario centrados en la categoría contenidos escolares, ponen de realce la complejidad y particularidad epistemológica de estos conocimientos. Se identifican tensiones relacionadas con la coexistencia de contenidos escolares tanto en un nivel instruccional cientificista como en un nivel integrador-transformador.