En el presente trabajo se muestra la construcción, desarrollo y aplicación de unidades didácticas innovadoras abordando conceptos estructurantes como naturaleza corpuscular de la materia, cambio químico y cuantificación de relaciones, orientadas por un eje didáctico de resolución de problemas teniendo en cuenta los estándares curriculares nacionales y concepciones científicas de interacción. Las unidades didácticas derivadas de la conjugación de estas perspectivas científicas y educativas fueron aplicadas con estudiantes de educación media de varios Colegios de la ciudad de Bogotá.